Was von der Siedlung übrig blieb, fanden Archäologen in den 1990er-Jahren bei umfangreichen Ausgrabungen: Die Strukturen zweier Türme und eines Lagerhauses, Überreste des Hauses von Kolumbus mit Blick auf den Atlantik, eine Kirche, Schauplatz der ersten katholischen Messe auf amerikanischem Boden, und das Skelett eines spanischen Siedlers. In der Nähe liegt ein Museum mit historischen Artefakten, das den Taíno – den Ureinwohnern der Region – und der Ankunft der Spanier gewidmet ist. Eine Gedenktafel weist La Isabela als «erste Stadt der neuen Welt» aus, daneben weht stolz die Flagge der Dominikanischen Republik.